卓越工程师学院构建了“严管厚爱、分类指导、工程特色”的学生管理体系，既注重标准化规范，又突出工程师素养培育。学院实施“双班主任+企业导师”协同管理模式，校内班主任负责日常思想引导与学业规划，企业班主任则侧重工程伦理与职业素养培养，形成“校内+企业”双线管理闭环；建立“工程师行为准则”，将工匠精神、质量意识、安全规范等融入日常管理，通过“车间式晨训”“项目日志制度”等特色举措，培养学生严谨细致的工程习惯。
针对“本研贯通、工学交替”的培养特点，学院创新动态化管理机制：在校期间实施“书院制”社区管理，通过党建活动室、工程文化长廊等空间建设营造专业氛围；企业实践阶段推行“企业辅导员驻点制”，由学院党员教师与企业HR共同跟踪学生实习表现，建立“周汇报、月评估”沟通机制；开发“卓越工程师成长档案”数字化平台，实时记录学生课程成绩、项目成果、企业评价等成长数据，为个性化指导提供依据。此外，学院还设立“工程先锋奖学金”“攻坚克难专项奖”等特色奖项，将解决实际工程问题的能力纳入评优核心指标，引导学生在实践中锤炼本领、成长成才。