卓越工程师学院院徽最上面设计了北京理工大学校徽中的和平鸽，中间由两个轴对称的大写字母E组成，这两个E分别代表Excellent和Education，这两个单词和院徽最下面的“工”字共同组成“卓越工程师教育”的含义。同时，中间部分的图案又酷似一本书和盾牌，寓意为希望卓越工程师学院的同学们在知识宝库中尽情学习，在未来用知识的盾牌保卫国家安全。